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Diverse sono le opinioni in merito all'origine del nome "Flumeri". Secondo alcuni, deriverebbe dalla deformazione del termine latino "frumentum", in relazione all'antica (e tuttora mantenuta) vocazione cerealicola dell'area. Altri fanno risalire il nome Flumeri alla famiglia Forma, feudataria in epoca normanna. La tesi che maggiormente ci convince è quella che lega il nome Flumeri all'acqua, vista la confluenza in zona di fiumi (lat. fluminibus), o ancor meglio "flumen".
Il paese ha origini assai antiche, come testimoniato dalle rovine rinvenute Lungo il Tratturo Pescasseroli-Candela, in Contrada Fioccaglia (anche detta Fioccaglie o Chioccaglie), risalenti al III-II secolo A.C, ciò che rimane di una città, il cui nome non è ancora stato individuato, anche se si suppone che si tratti dell'antica Flumen, con molta probabilità abbandonata in tempi ristretti durante i conflitti civili del I secolo A.C.
Gli scavi hanno consentito di svelare un bel complesso urbano, con sistema fognario, assi stradali ortogonali lastricati in pietra lavorata. Copiosa è la documentazione archeologica: botteghe artigiane, fabbricati di epoca romana, una domus pubblica con decorazioni in stile pompeiano ed una casa con atrio centrale. Sono stati altresì rinvenuti resti di colonne, resti di vasellame in terracotta, pezzi di anfore ed altri elementi decorativi.
Flumeri venne citato per la prima volta solo nel 1122, quando viene distrutto dalle truppe di Guglielmo, Duca di Puglia, avendo i Flumeresi ucciso Riccardo, figlio del feudatario Gaurino.
Dopo le dominazioni normanna e sveva, il borgo formò oggetto di contesa tra Angioini ed Aragonesi e, dopo un veemente attacco, venne nuovamente distrutto nel 1461 dalle truppe del Re Ferdinando I d'Aragona.
Nel 1507 passò allo spagnolo Consalvo di Cordova, gran capitano spagnolo, che lo ricevè in dono come feudo da Ferdinando il Cattolico. Seguirono i Carafa, il marchese di Laino, i Duchi De Ponte, i marchesi di San Marco, i Filangieri ed i Caracciolo di San Vito e Flumeri, ultimi Signori che lo governarono.
In passato Flumeri era circondato da mura sormontate da due torri, sopra una delle quali venne innalzato i campanile della parrocchia. L'accesso al borgo avveniva attraversando due porte. Sulla sommità della collina sorgeva un castello, di cui fino a poco tempo fa rimanevano pochi ruderi. Oggi resta solo un cartello stradale "Via del castello", che fa intuire l'originaria destinazione del sito.
Tra le drammatiche avversità che la natura ha scatenato nel corso del tempo su Flumeri, vanno ricordati i ricorrenti terremoti, tra cui spicca quello drammatico del 1694, che distrusse più di 100 case, e la drammatica pestilenza del 1656, che decimò la popolazione. Particolarmente duro fu l'intero XVIII secolo, segnato da svariate calamità naturali, che colpirono tutti i Comuni della Baronia.
Nel 1873, in seguito ad un conflitto armato coi Carabinieri, nel suo territorio fu sconfitta ed annientata la banda del brigante Manzi.
Flumeri diede i natali ad Antonio Melchiorri, famoso per i suoi lavori di orologeria, e Gaetano Olivieri, letterato e patriota morto nel 1799 per la causa della libertà.