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Un vecchio edificio in cui venivano tenute le celebrazioni religiose sin dal 1034 venne citato, nel febbraio dello stesso anno, in un atto di compravendita tra Sado (venditore) e Giovanni (compratore) redatto dal Notaro Iso, e che aveva oggetto un territorio in Petruro nei pressi della "Ecclesia S. Felicissimi"
Successivamente, ma non sappiamo quando, sulle rovine del citato edificio venne realizzata la struttura attuale, nella cui Cripta di epoca romana, vennero ritrovati dei cadaveri ancora integri, due dei quali, stando alla tradizione, appartenevano a S. Felicissimo Martire e al Papa S. Sisto.
Nel "Notamento dei luoghi Pii Laicali" eseguito nel 1783, per ordine del Re Ferdinando IV, l'edificio venne designato "Chiesa di S. Felicissimo amministrata da laici e preti".