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Antica è l'orgine di Melito Irpino, le cui tracce originarie furono rinvenute alla fine del 1880. Alcuni parlarono di Cluvium, altri di un semplice sobborgo di Aeclanum, altri ancora (tesi prevalente) di Melae o Melas. Tito Livio (libro XXIV, Cap X) scrisse che quest'ultima venne distrutta dalle truppe di Claudio Marcello e Quinto Fabio al tempo della Seconda guerra Cartaginese nel 215 A.C., a seguito della sconfitta dei 3000 soldati che Annibale aveva lasciato a presidio del luogo. Il cospicuo bottino di guerra fu concesso per intero ai legionari vincitori.
Il sig. G. Pecori, direttore degli scavi, comunicò all'Accademia dei Lincei la scoperta di un'area archeologica ad un chilometro circa dall'attuale Melito vecchia, in località Pezza. Furono trovati dei sepolcri (ritenuti di epoca romana) disposti in file parallele, un esteso fabbricato adibito a luogo termale, un tempietto. Successivamente, a scavi ripresi, ci furono altri ritrovamenti: due case ed un tempietto meglio conservato del primo, i resti di un acquedotto che affluiva ad una vasca, ed altri reperti, tra cui lapidi e frammenti di iscrizioni e di anfore, lucernarie, tegole, tubi di piombo con bollo sannitico e monete romane.
Incerta è l'origine del borgo medioevale, che vide crescere Melito vecchia attorno a sè nel corso del tempo. Le fonti storiche relative al periodo in oggetto sono carenti. Il borgo medioevale venne citato per la prima volta, come feudo intero, nel XII secolo, tra il 1142 e 1164, ai primi tempi della monarchia normanna. Al Re erano dovuti il servizio di un milite e una rendita di venti once d'oro all'anno.
Successivamente, il territorio di Melito si trasmise per eredità (Baronato dei De Forgia). Nel 1239 Ferdinando II d'Aragona affidò il comune di "Melito Irpino" a Landolfo di Grottaminarda (l'unione tra i due comuni durò tre secoli). Melito fece altresì parte della Baronia del Conti di Gesualdo, fu anche feudo dei conti di Ariano, dei dei Della Marra, dei D'Aquino, dei Caracciolo, dei Pagano fino all'abolizione della feudalità (1784-1806).
Fino al 1923 la denominazione del borgo fu Melito Irpino valle Bonito. La planimetria del vecchio paese ed il ricordo di chi ci ha vissuto, descrivono un borgo piccolo e tranquillo. Osservando la piantina di Melito vecchia, si nota il tipico impianto urbano medioevale, col fitto intreccio di costruzioni, vicoli e scalinate che avvolgono il castello. Il centro del paese, Piazza Vittoria, ove si ritrovava la popolazione dopo aver assistito alla messa, era separato dall'Ufita, valicabile tramite un ponticello (tuttora esistente), da una semplice schiera di case.
A seguito del sisma del 1962, sembrerebbe per apparenti cause di sicurezza, il vecchio borgo venne interamente raso al suolo, salvo per fortuna, le più significative testimonianze della storia melitese: il castello e la chiesa di S. Egidio. Anche il tracciato delle vecchie strade è andato perso, salvo i tratti rimasti pavimentati con basalto e ciottoli.
La storia di Melito Irpina è stata caratterizzata dal ricorrere di altri eventi drammatici, in aggiunta ai terremoti già citati, che si sono susseguiti nel tempo regolarmente (es. 1456, 1688, 1702, 1930, 1962, 1981 e 1982). Infatti, si annoverano alluvioni, quale quella del 1949 che travolse il ponte di ferro e scardinò i mulini lungo il fiume, le frane ripetute, l'invasione delle cavallette nel 1634, le pestilenze del 1458, 1528, 1656-57.