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Sebbene le origini di Pannarano continuino ad essere avvolte da un'alea di incertezza, non vi dovrebbero essere dubbi circa l'effettività di una sua storia preromana, romana e medioevale.
Infatti, la frequentazione in epoca preromana venne confermata dal ritrovamento di una serie di sepolture ascritte al IV secolo A.C., ricollegabili ai Caudini o agli Hirpini. Allo stesso modo, la presenza romana risulta dai reperti archeologici rinvenuti in zona. I siti archeologici si trovano in località Piedimonte e Canale.
Il vero e proprio borgo sorse successivamente, nel Basso Medioevo. La prima citazione documentale si ritrova in un Cedolario del 9 ottobre 1296, dove si legge del Casale "Pandarano". Un successivo documento del 1279, ci informa che feudatario del tempo era tal Bartolomeo da Montesarchio.
Feudo dei De Cuneo, i Lagonessa (Della Leonessa), verso il XIV secolo, si impossessarono di questa terra, come di altre limitrofe. Il 20 dicembre 1446, Pannarano venne comprato da Troilo Origlia. Successivamente, si registrò un avvicendamento di varie famiglie feudatarie, tra cui i Marziale, i Caracciolo, gli Abate ed i Cocozza Campanile.
Abolita la feudalità nel 1806, Pannarano partecipò agli eventi rivoluzionari precedenti l'Unità d'Italia.
Già parte del Principato Ultra (facente capo a Montefusco fino al 1806, e poi ad Avellino), dopo l'Unità d'Italia, Pannarano "clamorosamente" venne aggregata alla Provincia di Benevento.
Il periodo immediatamente successivo all'unità d'Italia vide l'Irpinia patire il triste fenomeno del Brigantaggio, che investì anche la Valle Caudina. Infatti, nel 1861, un ex lanciere dell'esercito borbonico, Berardino D'Alessio (di Pannarano), venne arrestato, in quanto nel vicino paese di San Martino Valle Caudina aveva divulgato la falsa notizia del prossimo ritorno di "Franceschiello" (il Re Francesco di Borbone), dicendo di aver già assoldato duecento volontari nei paesi limitrofi, offrendo tra i sei ed i dodici carlini ai nuovi aggiunti e dicendo che avrebbe fatto ritorno per porre in collegamento tutti i rivoltosi della Valle Caudina.
La successiva storia del paese è simile a quella dei Comuni irpini limitrofi, fatta di difficoltà economiche, emigrazione, disoccupazione, calo demografico.
Chi volesse approfondire la storia di Pannarano può leggere "Pannarano, Storia, tradizioni, folklore" di Pietro Vannetiello, Nuova Stampa, Avellino, 1982.