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Durante gli scavi del 1950-51, furono scoperte le fondazioni e la parte inferiore di due chiese, a ridosso del banco di tufo, laddove oggi si estende la parte più recente della Basilica.
Delle due chiese, la più recente, di dimensioni maggiori, aveva finito per inglobare la prima, con molta probabilità distrutta da uno dei tanti terremoti. La struttura muraria di entrambe presenta molte similitudini con quella di altri edifici longobardi. Ed infatti, mentre numerosi studiosi verso la metà del mezzo secolo scorso (Taglialatela, Scandone, Venditti) ritennero la struttura paleocristiana (VI secolo D.C.), in tempi più vicini a noi si parla di periodo longobardo (VIII secolo D.C.). Si trattava di chiese cimiteriali, stante le tombe in esse rinvenute.
La Basilica antica, di cui l'immagine mostra l'interno a navata unica e
con la volta a botte ribassata, con tre archi sorretti da pilastri incapsulati
nelle pareti, rappresenta la parte più interna della struttura religiosa.
La sua realizzazione, che venne effettuata utilizzando materiali e frammenti di epoca romana, provenienti dall'area limitrofa, viene suddivisa in tre epoche:
1) Epoca delle persecuzioni cristiane (fino al IV secolo): per sfuggire alla caccia loro data, i primi cristiani si rifugiarono presso l'antico cimitero pagano e nelle relative cave e cunicoli che vennero scavati nel tufo, che funsero da luogo di preghiera, riparo ed anche di sepoltura.
Le catacombe, attigue alla Basilica, il cui ingresso è mostrato dalla
fotografia, dovrebbero risalire al II-III secolo e si trovano sul lato sinistro
della Basilica. Scavate nel tufo, a forma circolare, funsero originariamente
a luogo di sepoltura e poi di esercizio della fede. La catacomba è
sormontata dalla Grotta dell'Angelo, una vasta conca, nella collina tufacea.
Ciò conferma la penetrazione del Cristianesimo in Irpinia, sin da
epoche remote e, forse, la presenza dei primi Vescovi in Irpinia in tale
sito. Negli Atti di S. Ippolisto si fa un riferimento alle Catacombe di
Prata o di un luogo simile, dove egli Sacerdote perseguitato si rifugiò
per proseguire la sua opera di evangelizzazione.
2) Epoca Cristiana (IV-VI secolo): con la fine delle persecuzioni a seguito dell 'Editto di Milano del 313 dell'Imperatore Costantino e prima della venuta dei Longobardi (in genere ostili ai Cristiani), si procedette all'abbattimento della struttura tufacea e si realizzò la primitiva Basilica, a unica navata, impiegando materiali di costruzione di edifici pagani ed allargando alcuni cubicoli, impiegando tufo (lato destro e piccola parte del lato sinistro), o muratura (facciata e lato sinistro).
3) Epoca Bizantina (VI-IX secolo): è il periodo dell'ampliamento e dell'abbellimento della Basilica, anche tramite la realizzazione di numerosi affreschi, purtroppo non giunti fino ai nostri tempi.
Fortunatamente, residua l'immagine della Vergine Orante, a cui si riferisce
la fotografia.
E' collocata in una nicchia di forma semicircolare, scavata nel tufo sul fondo della navata (disputata è l'epoca di realizzazione, forse VIII secolo), presumibile opera di artista greco bizantino.
Assai caratteristici sono i dieci arcosoli, cinque per lato, che racchiudono un ambiente circolare, che si vedono in parte nella fotografia.
Sulle pareti, sia destra che sinistra della Basilica antica dell'Annunziata
di Prata di Principato Ultra insistono altri dipinti, giunti fino ai nostri
giorni in condizioni non ottimali di conservazione.
L'immagine sulla sinistra mostra la Crocifissione di Gesù, quella sulla destra raffigura una persona, forse un Santo.
Le ultime due immagini si riferiscono ad altri due dipinti sulle pareti
della chiesa. Quello di sinistra mostra un Santo (forse S. Antonio) con
in braccio il Bambin Gesù. Il dipinto sulla destra sembra raffigurare
un Vescovo, forse S. Ippolisto.
Sotto la volta dell'Abside vi era un affresco raffigurante il Redentore tra due Angeli, forse del XI secolo, caduto nel 1910 e rimpiazzato nel 1912 con un nuovo affresco.
La basilica è lunga 13 metri, l'altezza massima della volta è 6,80 metri, le pareti sono spesse 75 cm. L'abside è larga 2,80 metri, lunga 3 metri ed alta fino a 4 metri, la corda dell'arco è 4 metri.