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Savignano Irpino vanta origini preromane, per la precisione paleolitiche, essendo questa l'epoca in cui i primi gruppi organizzati si stanziarono sul suo territorio. Anzi vi fu una continua sovrapposizione di insediamenti di epoche successive e, quindi, di differenti gruppi etnici: Iapigi, Umbro-Sabelli, Enotri, Osci, Hirpini, come confermato da ritrovamenti archeologici di epoca preromana (e romana) nelle contrade Rasceta, Piano della Bella, Isca, Scampata, Cave, Parco.
Sotto i Romani si usò l'espressione "Fundus Sabinianus", come risulta da un'iscrizione lapidaria scoperta in loco (e citata anche in un documento dell'VIII secolo), per designare probabilmente una fattoria ricavata su un preesistente sito sannitico.
Tuttavia, occorre aspettare, secondo alcuni, l'VIII secolo (702), secondo altri, addirittura il X secolo (902) per avere la prima prova documentale dell'esistenza del paese, ove sarebbe indicato come "Castrum Sabiniani" (Castello di Savignano).
Altra citazione antica fa riferimento a Sorolo, Signore di Savignano, che avendo "profferito villanie contro Tancredi, Re di Napoli", venne da quest'ultimo fatto catturare ed impiccare.
Nel Medioevo il borgo venne inglobato dapprima nel Ducato longobardo di Benevento, per poi passare nell'XI secolo sotto la dominazione dei Normanni (in località Ferrara si trovano i resti di un forte normanno).
Tuttavia, è solo con la dominazione angioina che si può parlare dell'inizio della vera e propria storia di Savignano paese.
Savignano, unitamente a Ferrara, Greci e Montaguto, fu terra di eretici e per questo subì la persecuzione dell'lnquisizione (in un documento del 1269 si legge il nome di Margherita, vedova di Zogloss, signore di Ferrara a cui vennero confiscati tutti i beni).
Nel 1271 Savignano è tassato per soli 95 abitanti.
Nel 1274 Carlo d'Angiò concesse Savignano e Greci a Roberto de Landa.
Nel 1416 Savignano diventa feudo di Francesco Sforza.
Negli anni seguenti la popolazione di Savignano si ridusse drasticamente a causa di guerre, pestilenze e carestie: i 199 fuochi (famiglie) del 1545 si ridussero a 38 nel 1669.
Carlo Antonio di Guevara (potenti signori della Navarra), IV Duca di Bovino (un vastissimo distretto interregionale con possedimenti in Capitanata, Irpinia e Beneventano), nel 1638 acquistò per 84.000 ducati la Contea di Ariano, assumendo il titolo di primo Conte di Savignano.
L'arcivescovo Orsini, restò molto legato alla sua diocesi dopo essere stato eletto Papa col nome di Benedetto XIII, tanto da rischiare di perdere la vita sotto le macerie durante il terremoto del 1688. Tornò due volte a Benevento portandovi tutta la sua carità e Savignano ne beneficiò, con la realizzazione di un nuovo ospedale, fuori Porta Grande, che corrisponde all'attuale Municipio, il cui portale reca la data del 1727.
La storia più recente di Savignano e dei Comuni limitrofi venne segnata dal brigantaggio, per tutto il XIX secolo, tanto da indurre il Governo centrale ad inviare distaccamenti di soldati piemontesi nella Valle dell'Ufita ed istituire in tutti i Comuni la Guardia Nazionale. Continui, infatti, furono gli assalti alle diligenze ed ai corrieri postali, i saccheggi di masserie, i sequestri di ricchi possidenti terrieri, e tanti altri atti efferati.
Savignano Irpino ha dato i natali al ricercatore Luigi Albani, al militare Luigi Cavallari ed al sacerdote e patriota Pietro Magone.