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Vi è chi riconduce direttamente la denominazione "Villamania" a "Villa Mania", attribuita dal Console Manio Curio Dentato all'abitato di Formulano. Altri, però, vi giungono indirettamente per deformazione fonetica: da "Villa Magna", cioè grande villa, si sarebbe passati a Villa Mania, a Villa Manya e, finalmente a Villamaina.
Il borgo ha origini medioevali e sin dall'epoca normanna fu casale della Baronia di Frigento. Divenne poi feudo della famiglia Gesualdo e poi di quella Caracciolo, fino al 1806.
A Villamaina nacque nel 1787 il grande naturalista e botanico Giovanni Gussone, a cui è dedicata una lapide ubicata sotto all'arco civico.