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Alcuni ritengono che Villanova del Battista sia stata edificata sulle rovine di una antica città irpina, anche se la prima citazione si ha in un documento della prima metà del XIII secolo, con la denominazione di "Polcarino" o "Pulcherino". Tale nome viene ritenuto da alcuni deformazione di "bulgarinus", in riferimento ai "bulgari", termine col quale si designavano i popoli dei Balcani; altri, riallacciano l'originaria denominazione di Polcarino al nome console romano "Pulcber Herrenius".
Quel che è certo, è che il borgo antico patì drammatiche vicissitudini: venne, infatti, martoriato nel XIV secolo da terremoti e dalla peste.
Sotto gli Svevi feudo dei Mascambruno, il feudo di Polcarino venne annesso alla Baronia di Vico da Carlo d'Angiò, seguendone le sorti fino alla sua vendita ai Del Balzo.
Nel XV-XVI secolo il feudatario Pietro del Balzo fece ricostruire il borgo, ripopolando Castrum Pulcareni con una colonia di Schiavoni dalla Dalmazia. II nome Villanova ("città nuova") compare appunto dopo tale ricostruzione.
Altri feudatari furono i Consalvo di Cordova, i Carrato, i Carafa, i Gonzaga e nel 1645 Giovanni Ossorio, i cui discendenti assunsero il titolo di Marchesi.
Nel 1694 il borgo venne nuovamente distrutto da un terremoto, ma seppe riprendersi ed ampliarsi. L'ultimo feudatario fu Giovanbattista de Figueroa nel 1777.
Nel 1861 a Villanova fu aggiunto "del Battista" in onore del Patrono S. Giovanni Battista, per distinguerlo da altri paesi con la stessa denominazione.
Il borgo venne distrutto nuovamente dal sisma del 1930. A tal punto, la riedificazione venne spostata sui colli Spina Taverna e Costa delle Rose, mentre ciò che ancora rimaneva del centro storico restava sulla collina di S. Nicola.
A Villanova del Battista nacque nel 1857 il giornalista Giuseppe lorizzo e la Medaglia d'argento al Valor Militare, il colonnello Giovanni Conte, nel 1888.