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La chiesa Madre di San Giovanni del Vaglio, o meglio di S. Giovanni de Balio militum, come era chiamata, risale al XII secolo, ed era originariamente una struttura romanica, come testimonia l'abside.
L'edificio religioso venne elevato a Regia cappellania nel 1281 sotto Ferdinando I, che stabilitosi nel paese con tutta la famiglia, fece ricostruire il castello danneggiato da eventi bellici, e fece ampliare la chiesa. Durante il regno di Ladislao, il Papa Bonifacio IX con bolla del 27-5-1397 istituì nella Chiesa di S. Giovanni de Balio una collegiata al posto della semplice Regia cappellania, dichiarandola di fondazione e collazione reale, divenuta in seguito Regia cappella palatina (al tempo di Ferdinando d'Aragona, 1460). La bolla papale non impedì alla Curia di Benevento, a partire dal 1656, di avanzare pretese sulla chiesa, consacrata dal Cardinale Orsini il 13 giugno 1700, che le appartenne fino al 1768, quando il Cappellano Monsignor Naselli, con l'approvazione della Regia Camera di S Chiara e conferma di Carlo III di Borbone, rivendicò il ritorno alla sua giurisdizione
Nel 1921, la chiesa palatina divenne una modesta chiesa parrocchiale con aggregazione del beneficio di quella antica di S. Bartolomeo.
Nel corso del tempo l'edificio religioso ha subito interventi restaurativi
o ricostruttivi, come ad esempio nel XVII secolo, che hanno alquanto alterato
l'originaria configurazione.
La facciata della chiesa è preceduta dalla gradinata e da un piccolo spiazzo, proprietà della chiesa (vi è la pietra del termine lapideo), ma aperto al pubblico. La vasta parete laterale delimita un'ampia piazza. Su tale lato, insiste, innanzitutto, l'ingresso minore su cui si legge "REGIA JURISDICTIO EXCMI ET RMI CAPELLANI MAIORIS".
Ma soprattutto, si staglia l'imponente torre campanaria, con orologio civico,
risalente al XVI secolo, come si legge su una lapide in latino murata sulla
parete orientale, che recita: "EX MEDIETATE PROVENTVM POPULI FVSCANI
MVNIFICENTIA ERECTVM CAMPANILE EST ANNO 1541 CAE CVTILIVS CVRAVIT".
Per comprendere il testo latino ultimo riportato, occorre sapere che Cae
Cutilius sta per Cesare Cutillo (molti Cutillo furono sindaci di
Montefusco) e che nel 1541 venne costruito l'imponente campanile che rimpiazzò
uno più antico danneggiato dai terremoti eretto con blocchi di pietra
squadrati e con una scala a chiocciola pure in pietra.
All'interno, col pavimento in ceramica del XVIII secolo, sono presenti tre ampie navate, separate da una doppia fila di archi a tutto sesto, sostenuti da colonne tuscaniche, provenienti da più antichi monumenti e colonne isolate in pietra locale. In ogni navata ci sono tre altari di marmo ben lavorati, con quadri di Santi ornati di stucco. Il soffitto, di legno, è suddiviso in quadrati dipinti, caratteristica tipica del XVIII secolo. L'altare maggiore è costituito da una sola mensa, secondo l'usanza delle antiche basiliche.
La cappella attigua alla Sagrestia è dedicata alla Santa Spina, dato che in un prezioso ostensorio d'argento vi si conservava la reliquia della Corona di Nostro Signore Gesù Cristo, donata da sovrani angioini e rubata nel 1975.
Il battistero è composto da una vasca scavata in un grosso monolite, sostenuto su un tronco di colonna romana. La vetustà del battistero si evince dal fatto che per accedervi, occorre scendere tre gradini, perché nei tempi antichi il battesimo avveniva per immersione nell'acqua santa.
Sulle pareti vi sono affreschi del battesimo di Gesù, lo stemma della città ed altri non più decifrabili in quanto ormai andati perduti. Tra i vari affreschi, anche del XV secolo, spicca quello di S. Michele.