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La frequentazione del territorio Pratolese è assai remota, come prova una specie di dolmen, detto la "Casa dell'Orco", in Contrada S. Michele, costruzione megalitica, che gli esperti archeologi ritengono di epoca preistorica.
L'antichissima presenza umana in zona è confermata dai ritrovamenti archeologici risalenti all'età del Bronzo, scoperti in località Pioppi, relativi ai resti di un villaggio di capanne. Nella stessa località giacciono i ruderi (nascosti tra erbacce) di una Basilica Paleocristiana dedicata a S. Giovanni (VII secolo D.C.), mentre, nell'area industriale, dove sono situati gli stabilimenti Fiat (FMA), sono stati rinvenuti i resti dell'acquedotto romano Serino-Benevento.
II borgo vero e proprio ha origini medioevali e fino al principio del XIV secolo fu soggetto alla Signoria dei locali nobili De Sena, per passare poi ai Grillo, ai Poderico ed, infine, ai de Tocco, Principi di Montemiletto, ultimi feudatari.
Dal punto di vista etimologico, Pratula deriverebbe dal vocabolo latino "Pratulum" (plurale Pratula, praticelli).
Con la proclamazione del Regno d'Italia, a Pratola venne aggiunto "Serra", in riferimento ad un luogo ubicato in alto, che corrisponde al sito dell'antico castello.