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Non vi è concordanza circa l'origine del nome del paese irpino.
Vi è chi ricollegandosi alla presunta origine preromana di Mercogliano ipotizzata da taluno (Teodoro Mommsen), ritiene che qui Gneo Mario abbia elevato un tempio a Mercurio, su cui si sarebbe sviluppata la romana "Colonia Mercurialis", da cui sarebbe scaturita l'attuale denominazione "Mercogliano".
Maggiore seguito ha la tesi secondo cui il borgo venne fondato verso la fine del secolo VI da profughi della vicina Abellinum, che si insediarono in altura per sfuggire ai Longobardi, i quali avrebbero qui eretto una fortezza, detta Castrum Mercurianum, sul tempio dedicato a Mercurio.
La prima documentazione ufficiale della sua esistenza risale all'XI secolo.
In epoca successiva, il borgo subì la dominazione dei Normanni, col nome di "Merculianum" e dei Goti. Proprio per contrastare l'avanzata dei primi, tra il 1077 e il 1099, per proteggere il borgo, vennero eretti un castello e delle mura con cinque porte.
Nel 1195 gli Abati di Montevergine diventano feudatari del paese, con tutti i diritti conseguenti (solo dopo l'unità d'ltalia, nel 1868, l'Abbazia di Montevergine perse definitivamente ogni potere verso Mercogliano).
Gli Angioini utilizzarono la denominazione di "Castrum Mercuriani".
Mercogliano fece parte della contea di Avellino.
Tra i primi feudatari si ricorda Ruggiero dell'Aquila. Successivamente, venne assorbita negli averi dell'Abbazia di Montevergine, a cui fu donato da Federico II.
Nella prima metà del XVI secolo ne ammmistrò le rendite feudali la S. Casa dell'Annunziata di Napoli.
Un tremendo rogo distrusse il borgo medioevale nel 1656.
Mercogliano diede i natali a Marcello Del Giudice, generale e maestro di campo del Re di Spagna, valoroso combattente durante le guerre di Fiandra ed a Filippo Bianco, letterato, defunto nel 1837.