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La remota frequentazione del territorio di Mirabella Eclano venne dimostrata dalla scoperta della necropoli eneolitica, che si trova lungo la strada che conduce a Taurasi, in Contrada Madonna delle Grazie. Le tombe furono scavate nel banco tufaceo. In una di esse venne trovato il famoso "Guerriero con cane" oggi esposti al Museo Irpino di Avellino.
Ben quattro aggregati urbani si sono succeduti nel corso del tempo, nell'ambito del territorio dell'attuale Mirabella Eclano: Aeclanum, Quintodecimum (Quinto Decimo), Acquaputrida, Mirabella.
Aeclanum fu una delle più importanti città Sannite (o meglio Hirpine), ed era solcata dalle Vie Herdonitana e Aurelia AEclanensis. I suoi ruderi si trovano nei pressi della frazione Passo di Mirabella, in località Grotte. Prese parte alla Guerra Sociale e fu saccheggiata da Silla nell'89 A.C. Divenuta "Municipium", venne adornata di diversi edifici pubblici, tra cui, il Foro, le Terme, il Gimnasium, l'Anfiteatro, il Macellum.
Il periodo V-VII secolo D.C. fu quello della decadenza di Aeclanum, tanto che nel 662 D.C. l'imperatore d'Oriente Costante II, impegnato nella conquista della longobarda Benevento, fece distruggere il centro irpino.
Sulle rovine di Aeclanum, nel VII secolo D.C., venne eretta Quinto Decimo, così chiamata in quanto distante 15 miglia da Benevento. Le dispute cruente tra Bizantini e Longobardi ne causarono la decadenza e distruzione, riducendolo ad un borghetto quasi insignificante.
La popolazione, spostatasi in una zona malsana, detta appunto Acquaputrida (XI secolo), cercò un luogo più salubre e sicuro e si stabilì su di un colle, dove sorgeva un castello normanno, dove oggi si trova il Municipio.
Solo a partire dal XII secolo si può parlare di una ripresa, visto che il nuovo paese crebbe intorno al castello normanno. Secondo alcuni, solo dal 1330 si può parlare di vera e propria urbanizzazione.
Successivamente, Mirabella fu feudo dei Visconti, degli Sforza, dei Maccarelli, dei Leonessa, dei Gravina, degli Orsini.
Il nome "Mirabella" le venne posto nel XIV secolo, a cui fu aggiunto "Eclano" solo nel 1862.
Mirabella Eclano diede i natali all'archeologo Raimondo Guarini, morto nel 1852 ed autore di varie opere, tra cui una serie di ricerche sull'antica Aeclanum.
Come tutti i Comuni irpini, diversi terremoti hanno inferto gravi danni a persone e cose a Mirabella Eclano, particolarmente nel 1688, 1694 e 1732, oltre che naturalmente nel 1980.