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La
mancanza di documenti da cui risulti la data di edificazione della Collegiata
di S. Giovanni Battista, o Chiesa del Borgo, non ne consente l'esatta
datazione. Tuttavia, le sue origini sono sicuramente medioevali e più o
meno contemporanee al Castello,
visto che la Collegiata sorge nel cuore del borgo nei pressi della struttura
difensiva. Perciò, verosimilmente, come accaduto in tantissimi
altri luoghi, venne edificata a breve distanza di tempo dal fortilizio
difensivo.
Notizie certe, tuttavia, risalgono solo all'epoca del Vicereame spagnolo. Una delle quattro originarie campane del Campanile della Chiesa portava incisa la data del 1521, un'altra, venne inaugurata nel 1565, dal Duca di San Martino, Vittorio Loffredo. Tuttavia, le citate campane non esistono più, visto che il metallo venne utilizzato per ottenere nel 1921 due nuove campane, per fusione delle precedenti.
L'attuale configurazione dell'edificio religioso, nei tratti dominanti, risale al periodo XVII-XVIII secolo, al tempo del Cardinale Orsini, Arcivescovo di Benevento, poi Papa Benedetto XIII. Vincenzo Maria Orsini, infatti, visitò la Valle Caudina ripetutamente e si fermò nella Chiesa Parrocchiale di S. Giovanni Battista sabato 11 ottobre 1687, quando celebrò la messa, visitando successivamente le altre Chiese del paese, a quel tempo numerose, molte delle quali scomparse, ma di cui rimane traccia nei toponimi del centro storico.
L'importanza della Chiesa parrocchiale di S. Giovanni Battista era andata gradualmente crescendo nel tempo. Infatti, da una limitata giurisdizione, riguardante solo una piccola parte del borgo antico, a seguito della Bolla del 22 novembre 1736 dell'Arcivescovo di Benevento, Cardinale Serafino Cenci, la Chiesa fu elevata a "Collegiata", tramite soppressione dell'Arcipretura nella Chiesa di S. Martino Vescovo ed il trasferimento dei beni presso la Collegiata di S. Giovanni Battista. La reazione dei Sammartinesi e delle pubbliche autorità ed i contrasti tra prelati, indussero nel 1766, il nuovo Cardinale Giovanni Battista Colombini, a tornare allo stato precedente, con la Chiesa di San Martino Parrocchia ed Arcipretura, mantenendo, però, in vita il Collegio dei Canonici.
La Collegiata presenta un'unica navata, corredata da una serie di Cappelle laterali. All'interno, da cui si accede al Campanile a pianta quadrata, oltre al fonte battesimale, si segnala il Confessionale risalente al XVIII secolo e ben conservato.
Due interessanti lapidi si trovano all'interno della Collegiata. La prima si trova murata nella destra dell’abside e si riferisce alla Consacrazione della Chiesa del 12 agosto 1694. L'iscrizione in latino ricorda la concessione ai fedeli dell'indulgenza di cento giorni. Assai più interessante è però la seconda lapide che si ricollega al culto medioevale sammartinese di S. Palerio Vescovo e del suo Diacono S. Equizio, che si trova sotto all’altare maggiore. Tale lapide sigilla il loculo contenente le reliquie dei Santi, che vi furono tumulate il 5 marzo 1713, alla presenza di Vincenzo Maria Orsini, Cardinale Arcivescovo di Benevento, dopo essere state ritrovate casualmente il 16 giugno 1712 da alcuni muratori mentre lavoravano alla costruzioni delle fondamenta di un nuovo edificio.