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Mancano sicuri elementi storici e documentali che consentano di ascrivere senza alcun dubbio la data di costruzione della Chiesa di S. Martino, ubicata lungo la strada di Tufara. Tuttavia, è verosimile l'ipotesi che la vuole già esistente prima dell'anno 1000.
Il primo dato certo, relativo alla Chiesa consacrata, si ritrova in una pergamena del Santuario di Montevergine del maggio 1286. Un ulteriore dato documentale risale al 1587, un inventario, redatto dal Notaio Gerolamo Setaro su richiesta dell'Arciprete Giovanni Ferrara, da cui risulta l'ampiezza della giurisdizione della Chiesa arcipretale, in cui rientravano la Chiesa di S. Giovanni a Guarcino e diverse Cappelle rurali.
Il Cardinale Vincenzo Maria Orsini visitò la Valle Caudina più volte, fermandosi presso la Chiesa Arcipretale di S. Martino, venerdì 10 ottobre 1687, dove benedisse "croce, fiori, candelieri, ed una tovaglia", il 13 agosto 1694, quando consacrò solennemente la Chiesa, e dopo l'elezione a Papa Benedetto XIII, la mattina del maggio 1729, dopo aver dormito nel Convento di S. Caterina.
L'elevazione della Chiesa parrocchiale di San Giovanni Battista a Collegiata e la contestuale soppressione dell'Arcipretura presso la Chiesa di S. Martino Vescovo, avvenuta il 22 novembre 1736 con Bolla dell'Arcivescovo di Benevento, Cardinale Serafino Cenci, fu all'origine della reazione delle autorità pubbliche e dei Sammartinesi. A ciò si aggiunsero i dissidi tra i canonici che costrinsero il Cardinale Giovanni Battista Colombini, arcivescovo del tempo, nel 1766, a ripristinare nella chiesa di San Martino sia la parrocchia che la stessa Arcipretura senza però abolire il Collegio dei canonici.
La chiesa arcipretale ha subito frequenti danni a causa dei terremoti. Con un deliberato del 23 marzo 1836 fu dichiarata "inufficiabile" e le Sacre Funzioni furono da allora celebrate nella Chiesetta del Salvatore (oggi inesistente). La chiesa di San Martino era "diruta, ombrata di secolari tigli". Ancora all'inizio del secolo scorso e, prima della sua ricostruzione, avvenuta nel 1928, era possibile osservare il dipinto, di discreta fattura, di S. Giovanni che battezza Cristo, a destra appena entrati, al di sopra del battistero con fonte battesimale.